Hỏi về nộp thuế thu nhập cá nhân ?

Tôi đang làm việc cho công ty của nước ngoài, Mức lương cơ bản của tôi 3.500.000đ ( mức lương này công ty làm căn cứ để tham gia bảo hiểm xã hội), phụ cấp trách nhiệm 700.000đ, phụ cấp ăn trưa 300.000đ, phụ cấp tiền xăng 300.000đ, tiền tăng ca( làm ngoài giờ 800.000đ, Tổng lương cuối tháng 5,6 triệu, sau khi trừ bảo hiểm xã hội còn 5,4 triệu. Công ty lấy số đó làm căn cứ để tính thuế thu nhập cá nhân và nói thu nhập tôi trên 5 triệu.
Theo tôi được biết là thuế thu nhập cá nhân bắt đầu có hiệu lực là 1-1-2009 và không tính các phụ cấp trên.
Vậy tôi hỏi, công ty tính thuế thu nhập cá nhân của tôi vậy là có đúng với luật không?
Khi tính thuế thu nhập cá nhân có tính các khoảng phụ cấp mà tôi nêu ra ở trên không?
Nếu công ty nói tính như thế đúng mà thực chất là sai tôi phải làm sao?

---

---